Bureau Waardenburg
Varkensmarkt 9
4101 CK Culemborg
T: 0345 512710
e-mail buwa

eDNA and barcoding in ecology
U bevindt zich hier:

eDNA en Barcodering bij ecologisch onderzoek

In toenemende mate wordt eDNA toegepast om de inventarisatie en monitoring van allerlei diersoorten efficiënter te maken. Barcodering wordt vooral ingezet voor de identificatie van lastig te determineren organismen.


Bij Bureau Waardenburg hebben we ervaring met de inzet van eDNA en kunnen we dit als inventarisatietechniek voor een breed scala aan soorten aanbieden. 
Ten aanzien van barcodering zijn we ervaren met zowel de monstername als als de interpretatie van de resultaten en kunnen we het complete traject verzorgen.


eDNA

Bij eDNA als inventarisatiemethode, worden soorten aangetoond op basis van ‘los’ DNA dat in water of bodem aanwezig is. Deze aanpak geeft weinig verstoring van dieren en hun milieu en is vaak efficiënter dan meer traditionele technieken (voor het aantonen van de aanwezigheid van soorten). We passen eDNA onderzoek onder andere toe voor grote modderkruiper, kleine modderkruiper, kamsalamander en waterspitsmuis. Ook met minder gebruikelijke groepen, zoals rivierkreeften, hebben we ervaring.

Een voorbeeld hiervan is het project 'Inventarisatie Stroomgebieden'. 

In recente projecten maakten we gebruik van zogenaamde metabarcodering. Hierbij worden complete soortenlijsten gegenereerd. Voor bijvoorbeeld vis blijkt deze methode goed bruikbaar. Hierbij wordt regelmatig een opvallende biodiversiteit blootgelegd die met traditionele methodieken veel inspanning vergen.

Dit is bijvoorbeeld gebruikt bij de monitoring van het drijvend eiland in een voormalige haven.

Barcodering

DNA-barcodering is een methode waarbij soorten worden geïdentificeerd aan de hand van een stukje DNA dat alle soorten hebben. Bij dieren is bijvoorbeeld gekozen voor het CO1-gen. Het bepalen van de volgorde van de basenparen van deze stukken DNA wordt barcodering genoemd, met als eindproduct de barcode. Door deze barcode te vergelijken met bestaande barcodes waarvan de determinatie zeker is, is het mogelijk een snelle en betrouwbare determinatie krijgen. Onder andere NCB Naturalis bouwt databases op met betrouwbare determinaties. Bureau Waardenburg is hierbij betrokken als coördinator voor diverse groepen macrofauna.

Barcodering zetten we vooral in bij identificaties die op basis van de zichtbare kenmerken niet of moeilijk sluitend te krijgen zijn. Typische voorbeelden zijn exotische Wolffia’s (kroossoort) en de bananenslak.

Kreeftenpest en vleermuiskeutels

Behalve de hierboven genoemde methoden zijn er nog vele toepassingen binnen de ecologie mogelijk. Zo hebben we, in samenwerking met Charles University (Prague) en WUR (Wageningen) ervaring opgedaan met het aantonen van kreeftenpest bij Nederlandse rivierkreeften. Verder gebruiken we DNA om van vleermuiskeutels te bepalen van welke soort ze afkomstig zijn. 

Denkt u aan een andere vorm van inzet van moleculaire technieken? Wij denken graag met u mee.

Contactpersoon eDNA onderzoek en Barcodering