Bureau Waardenburg
Varkensmarkt 9
4101 CK Culemborg
T: 0345 512710
e-mail buwa

DNA analysetechnieken
U bevindt zich hier:

DNA analysetechnieken en mogelijkheden


Kamsalamander

Bureau Waardenburg heeft een moleculaire lab voor (e)DNA-monitoring, (q)PCR- en metabarcoding analyses. Door onze brede ecologische expertise kunnen wij ecologie, taxonomie en DNA-technieken gecombineerd aanbieden. En zijn wij in staat om de traditionele en de nieuwste inventarisatietechnieken te combineren tot unieke toepassingen en efficiënte monitoringsprogramma’s.

Voor de ontwikkeling van deze dienst is een Europese subsidie verkregen bij SNN voor een periode van drie jaar (juni 2020 – juni 2023) en heeft de provincie Groningen een subsidie verleend. De werkzaamheden zijn ondergebracht in het project Techniek voor DNA Macrofauna en Plankton in Oppervlaktewater (TEMPO).

Het type DNA-onderzoek wat wij aanbieden is grofweg in te delen in de drie categorieën; soort specifiek onderzoek (qPCR), populatieonderzoek (barcoding) en monitoring van soorten en gemeenschappen (metabarcoding).

qPCR (soort specifiek onderzoek)

Bij soort specifiek onderzoek, worden soorten aangetoond met behulp van qPCR (Quantitative-PolymeraseChainReaction). Bij deze methode meten we de aanwezigheid van DNA van een specifieke soort. Hierbij kunnen we op basis van het genetische materiaal dat dieren achterlaten in het milieu (environmental-DNA) hun aan of afwezigheid vaststellen met zeer hoge gevoeligheid. De bemonstering bij deze methode geeft weinig verstoring van dieren en hun milieu en is vaak kosten efficiënter dan traditioneel soort specifiek onderzoek. We passen eDNA onderzoek onder andere toe voor grote modderkruiper, kwabaal, heikikker, kamsalamander en waterspitsmuis. Ook met minder gebruikelijke groepen, zoals rivierkreeften, hebben we ervaring.
Voor een overzicht van de soorten waarvoor wij direct analyses kunnen uitvoeren. Staat een gewenste soort niet in de lijst neem dan contact met ons op om te kijken wat de mogelijkheden zijn voor het ontwikkelen van een test. Het is ook mogelijk om in sommige gevallen een andere analyse uit te voeren om de aanwezigheid van verschillende zeldzame soorten in een monster te analyseren.
Een voorbeeld hiervan is het project 'Inventarisatie Stroomgebieden'.

Barcoding (individueel onderzoek)

DNA-barcodering is een methode waarbij soorten worden geïdentificeerd aan de hand van een stukje DNA (gen) dat alle soorten hebben. Bij dieren is bijvoorbeeld vaak het CO1-gen. Het bepalen van de volgorde van de basenparen van deze stukken DNA wordt barcodering genoemd, met als eindproduct de barcode. Door deze barcode te vergelijken met bestaande barcodes waarvan de determinatie zeker is, is het mogelijk een snelle en betrouwbare determinatie krijgen. Onder andere NCB Naturalis bouwt databases op met betrouwbare determinaties.
Barcodering zetten we vooral in bij identificaties die op basis van de zichtbare kenmerken niet of moeilijk sluitend te krijgen zijn of bij sporenonderzoek. Voorbeelden zijn exotische Wolffia’s (kroossoort) en de bananenslak.

Metabarcoding (Monitoring van gemeenschappen van soorten)

Als de inventarisatie is gericht op het voorkomen van meerdere soorten of soortgroepen, dan wordt gebruik gemaakt van DNA-barcoding of DNA-metabarcoding. Bij barcoding worden de stukjes DNA  afgelezen en vergeleken met bestaande barcodes waarvan de determinaties zeker is. Bij metabarcoding kunnen meerdere stukjes DNA-simultaan worden afgelezen. Op deze wijze kan uit een monster een lijst van aanwezige soorten worden opgesteld. Hierbij wordt regelmatig een opvallende biodiversiteit blootgelegd die met traditionele methodieken veel inspanning vergen.
Dit is bijvoorbeeld gebruikt bij de monitoring van het drijvend eiland in een voormalige haven.

Contact

Wilt u weten of moleculaire technieken ook bruikbaar zijn voor uw monitoringsprogramma’s of onderzoeksvragen of zoekt u een andere toepassing waar u niks over heeft gelezen op de website? neemt u dan contact met ons op. Wij denken graag met u mee of en hoe we DNA-methoden kunnen inzetten, ontwikkelen en verbeteren ten behoeve van monitoringsprojecten en ecologisch onderzoek.